DNA Diziliminde Yeni Teknik

Imperial College'daki araştırmacılar DNA dizilimini son derece hızlı gerçekleştirebilecek yeni bir yöntemin prototipine ait patenti aldılar. Araştırma tek bir laboratuvar işlemiyle tüm bir genom dizilimini ortaya koyabiliyor ki günümüzde bu süreç, bir çok farklı işlemi birarada kullanmayı gerektiren hayli zaman alıcı bir konumda bulunuyor. Hızlı ve ucuz maliyetli bir genom dizilim işlemi sıradan insanların kendi DNA’larında gizli olan karakterleri anlamalarını sağlayacak. Böylece Alzheimer, şeker ve kanser gibi hastalıkların oldukça erken bir dönemde teşhis edilerek tedavisi de mümkün olabilecek.



Araştırmacılardan kimyager Dr. Joshua Edel, bugünkü teknolojiyle karşılaştırıldığında yeni cihazın tüm bir dizilim işlemini birkaç dolar maliyetle tamamlamasının mümkün olacağını söylüyor. Bu 2007 yılındaki bir milyon dolarlık maliyetle karşılaştırıldığında oldukça iyi bir gelişme. Henüz tam bir dizilim işlemi gerçekleştirilmemiş olsa da ön denemeler yeni cihazın, insanın 3,165 milyar baz çiftinden meydana gelen gen setini birkaç dakika içinde gözönüne serilebileceğinin işaretini veriyor.


Çalışmada araştırmacılar bir DNA iplikçiğinin oldukça yüksek bir hızla, silikon bir çip üzerindeki 50 nanometrelik bir delikten elektrik yükü kullanılarak geçirilebileceğini göstermişler. İplikçik çipin arkasından geçtiği sırada da bir elektrot, DNA’yı meydana getiren dört baz olan adenin, guanin, sitozin ve timinden hangisinin o an orada bulunduğunu tespit etmekte. Bu tip nano delikten DNA geçirilmesine dayalı teknolojiler uzun süredir gündemde olmasına karşın hızlı ve verimli bir okuyucuyu hayata geçirebilmek mümkün olmamıştı.


Yeni yöntemin bir diğer avantajı da kullanılan silikon çipin, bugün kullanılan malzemelere oranla olağanüstü derecede dayanıklı olması. Performanslarını kaybetmeden defalarca yıkanılıp tekrar kullanılabilmeleri mümkün.


Kaynak: Imperial College London

Yaygın bir yanlış anlama var: "birkaç dolara genom" cümlesi çoğu zaman tek bir kimyasal adımın maliyetini anlatır, uçtan uca sonucun maliyetini değil. Hesaba örnek hazırlığı, kalite kontrolü, tekrar okumalar ve yorumlama dahil değil. Asıl tartışma da burada: nanogözenek yöntemlerinde baz çağırma hataları ilk yıllarda oldukça yüksekti ve bugün bile tek bir okuma klinik karar için tek başına yeterli sayılmaz. Şu an bildiğimiz kadarıyla bu alan hızla ilerliyor, ama hız ve ucuzluk iddialarının hangisinin gerçek klinik değer taşıyacağı, hata oranı ve doğrulama adımları bilinmeden anlaşılamaz.